Serna Sürer
Bachelor Thesis
Identifikation von Neocallimastigomycota
und co-kultivierter Mikroorganismen
Neocallimastigomycota sind obligat anaerobe Pilze, die im Pansen von Pflanzenfressern leben. Dort spielen sie eine zentrale Rolle beim Abbau von Lignozellulose. Aufgrund dieser Fähigkeit gelten sie als vielversprechende Organismen für biotechnologische Anwendungen im Bereich der
Biogasproduktion. Ihre synthrophe Interaktion mit Methanogenen führt zu einer effizienten Umwandlung von lignozellulosehaltigen Materialien, wodurch die Biogasproduktion ökologische und wirtschaftliche Vorteile bieten kann.
In der vorliegenden Arbeit wurden verschiedene DNA-Extraktionsmethoden verglichen. Zudem wurden vorhandene anaerobe Pilze und co-kultivierete Mikroorganismen mittels PCR und Sanger- Sequenzierung identifiziert. Darüber hinaus wurde eine Kontaminationsanalyse und -minimierung
durchgeführt, sowie die ITS-Diversität (Internal Transcribed Spacer) von Caecomyces sp. untersucht.
Die Resultate der vorliegenden Studie indizieren, dass unter den getesteten Methoden das DNeasy Plant Pro Kit aufgrund seiner konsistenten Ergebnisse bei der PCR die zuverlässigste Methode für
die DNA-Extraktion aus anaeroben Pilzkulturen ist. Die in diesem Kontext eingesetzten Primerpaare (GGNL1/4, ITS1/4, Met86F/1340R und S-D-Bact-0341-b-S-17/S-D-Bact-0785-a-A-21) ermöglichten
eine differenzierte molekulare Analyse von Pilzen, methanogenen Archaeen und Bakterien.